หลังจากที่ได้ทีมที่เข้ารอบครบ 16 ทีม (ทีมแชมป์และรองแชมป์ของแต่ละโซน) จะมีการจับสลากเพื่อประกบคู่ในรอบเพลย์ออฟ 16 ทีมสุดท้าย , รอบก่อนรองชนะเลิศ , รอบรองชนะเลิศ , รอบชิงอันดับ 3 และ รอบชิงชนะเลิศ เพิ่อหาอันดับที่ 1-3 ซึ่งจะได้เลื่อนชั้นไปสู่ ไทยลีกดิวิชั่น 1 ต่อไป

เนื่องจากโดย สมาคมกีฬาฟุตบอลแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์ ได้มีมติให้ยุติการแข่งขันฟุตบอลทุกรายการภายในประเทศเพื่อถวายความไว้อาลัยแด่ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช จึงได้มีการจับสลากเพื่อหา 3 ทีมที่ได้เลื่อนชั้นสู่ "ยามาฮ่า ลีก 1 2017" ในวันที่ 20 ตุลาคม พ.ศ. 2559 โดยผลการจับสลาก มีดังนี้[5]

อัปเดตล่าสุด 20 ตุลาคม 2559
แหล่งข้อมูล: ดิวิชั่น 2
กฎการจัดอันดับ: 1) คะแนน; 2) คะแนนในการพบกัน (head-to-head; 3) ผลต่างประตูในการพบกัน; 4) ประตูได้ในการพบกัน; 5) ผลต่างประตู; 6) จำนวนประตูได้
(C) = ชนะเลิศ; (R) = ตกชั้น; (P) = เลื่อนชั้น; (O) = ผู้ชนะจากรอบคัดเลือก; (A) = ผ่านเข้ารอบต่อไป
ใช้ได้เฉพาะเมื่อฤดูกาลยังไม่สิ้นสุด:
(Q) = ได้รับคัดเลือกเข้าแข่งขันในระยะของทัวร์นาเมนต์ที่ระบุ; (TQ) = ได้รับคัดเลือกเข้าแข่งขัน แต่ยังไม่อยู่ในระยะที่ระบุ; (DQ) = ถูกตัดสิทธิ์จากทัวร์นาเมนต์
Head-to-Head: used when head-to-head record is used to rank tied teams.